核酸提取是指從樣本中提取出DNA或RNA的過程,是進(jìn)行PCR檢測等分子生物學(xué)實驗的前提步驟之一,在生命科學(xué)領(lǐng)域中有著廣泛的實踐意義。比如,在疾病診斷中,通過提取患者樣本中的核酸,可以進(jìn)行病原體檢測,如新冠·病毒、流感病毒等的檢測,從而進(jìn)行疾病的早期診斷和治療;在基因測序中,通過提取樣本中的DNA或RNA,可以進(jìn)行全基因組測序、轉(zhuǎn)錄組測序等實驗,從而研究基因的結(jié)構(gòu)和功能,探究生命活動的本質(zhì)。在生物多樣性研究中,通過提取環(huán)境樣本中的DNA,可以進(jìn)行環(huán)境DNA分析等實驗,從而研究環(huán)境中存在的各種生物的種類和數(shù)量,了解生物多樣性的分布和變化規(guī)律。
核酸提取的歷史與發(fā)展
核酸的發(fā)現(xiàn)可以追溯到1869年,瑞士生物化學(xué)家Friedrich Miescher從鮭魚精子中提取出一種未知物質(zhì),后來被稱為“核酸"。隨著科學(xué)技術(shù)的發(fā)展,20世紀(jì)40年代至50年代,科學(xué)家們對核酸結(jié)構(gòu)進(jìn)行了深入研究,揭示出脫氧核糖核酸(DNA)的雙螺旋結(jié)構(gòu)及其在生物體內(nèi)的遺傳功能。而核酸提取技術(shù)的歷史可以追溯到20世紀(jì)早期,隨著時間的推移,科學(xué)家們通過不斷改進(jìn)和嘗試,開發(fā)了更多可以提高核酸提取效率和準(zhǔn)確性的技術(shù)。在20世紀(jì)60年代,人們開始使用硅膠柱層析法來提取DNA和RNA。這種方法利用硅膠柱對核酸進(jìn)行分離和純化,是一種非常常用的方法。此外,還有一些其他的方法,如鹽析法、酚/氯仿法和商業(yè)化試劑盒等。隨著分子生物學(xué)的發(fā)展,核酸提取技術(shù)也得到了進(jìn)一步的改進(jìn)?,F(xiàn)在,我們可以使用自動化的核酸提取儀來大規(guī)模地提取DNA和RNA,并且可以使用PCR等技術(shù)來擴(kuò)增和分析這些核酸。
核酸提取純化的要求
高純度:核酸提取后的樣品應(yīng)該盡可能純凈,避免雜質(zhì)的干擾。高純度的核酸樣品可以提高下游實驗的準(zhǔn)確性和可靠性。
高濃度:提取的核酸樣品應(yīng)該具有足夠的濃度,以滿足下游實驗的需求。對于一些敏感的實驗,如PCR和測序等,需要較高濃度的核酸樣品才能獲得可靠的結(jié)果。
完整性:提取的核酸樣品應(yīng)該具有足夠的完整性,避免在提取過程中發(fā)生降解和斷裂。完整的核酸樣品可以提高下游實驗的成功率和可靠性。
無污染:在核酸提取過程中,應(yīng)該避免污染和交叉污染。特別是對于RNA的提取,應(yīng)該避免RNase的污染,這可能會導(dǎo)致RNA的降解和破壞。
傳統(tǒng)核酸提取實驗原理
核酸提取實驗涉及到兩個基本原理:細(xì)胞裂解和核酸沉淀。細(xì)胞裂解是將DNA從細(xì)胞壁和細(xì)胞膜中釋放出來的過程,在此過程中,各種物理和化學(xué)手段如冰凍-破碎、酶解和離子交換等可以使細(xì)胞破裂,釋放出核酸;而核酸沉淀則是將DNA從其他雜質(zhì)中分離出來的過程。這里的關(guān)鍵技巧是利用離心機(jī)和酒精洗滌。離心機(jī)的高速旋轉(zhuǎn)讓細(xì)胞碎片沉積在管底,而酒精則幫助DNA在管壁上形成白色絮狀物,方便我們提取。
核酸提取類型
1.基因組DNA提取
2.總RNA提取
3.miRNA提取
4.質(zhì)粒抽提
5.cfDNA提取
6.cfRNA提取
傳統(tǒng)核酸提取步驟
樣品的采集:根據(jù)實驗的需要,采集適當(dāng)?shù)臉悠罚缂?xì)胞、組織、血液、尿液等。
細(xì)胞裂解:將樣品進(jìn)行細(xì)胞裂解,以釋放核酸。不同的樣品需要不同的破碎方法,如超聲波、機(jī)械切割、化學(xué)裂解等。
核酸的沉淀:通過加入鹽、酒精等試劑,使核酸從上清液中沉淀下來。不同的試劑可以選擇不同的沉淀方法,如鹽沉淀、乙醇沉淀等。
核酸的洗滌:將沉淀的核酸進(jìn)行洗滌,以去除雜質(zhì)和殘留試劑。洗滌方法可以選擇酒精洗滌、鹽水洗滌等。
核酸的溶解:將洗滌后的核酸樣品進(jìn)行溶解,以獲得高濃度的核酸溶液。不同的核酸需要不同的溶解方法,如用TE緩沖液溶解DNA,用RNase-free水溶解RNA等。
核酸的質(zhì)量檢測:使用核酸電泳、比色法、分光光度法等方法對核酸樣品進(jìn)行質(zhì)量檢測,以確定核酸的純度、完整性和濃度。
不同類型的RNA和DNA可能需要不同的提取方案和試劑盒,因此在進(jìn)行核酸提取時需要根據(jù)實驗設(shè)計和研究目的選擇適當(dāng)?shù)姆椒ê驮噭┖小?/span>
核酸提取方法
從核酸提取技術(shù)的發(fā)展歷程來看,核酸提取主要經(jīng)歷了四個發(fā)展階段,涉及的提取技術(shù)分別為:有機(jī)溶劑法、硅膠膜離心柱提取法、磁珠法和自動化工作系統(tǒng)提取法。提取的模式也從單一樣本類型逐步發(fā)展至多樣本統(tǒng)一核酸提取類型,逐步實現(xiàn)高效、便捷、準(zhǔn)確地完成整個核酸提取過程。
其中,硅膠膜離心柱提取法、磁珠法是當(dāng)今市場上主流的提取方法。
硅膠膜離心柱提取法的原理是:對核酸有較強(qiáng)的親和力和吸附力的硅載體特異地吸附核酸,沒有被吸附的蛋白質(zhì)、多糖、脂類等其他生化成份在離心時被甩出柱子,剩下吸附在特異載體上的核酸,用洗脫液洗脫、分離,便得到純化的核酸。這種方法成本較低,但提取質(zhì)量較好,比傳統(tǒng)的酚氯法提取的純度高,有利于RNA保護(hù),而且能進(jìn)行微量操作。
磁珠法的原理是:利用磁性珠子與核酸的親和力,將核酸特異性地結(jié)合到磁珠表面,然后通過磁場的作用將核酸-磁珠復(fù)合物分離出來,最后用水或緩沖液將核酸洗脫下來。近年來,磁珠材料的改進(jìn)和多種化學(xué)修飾的引入,使得磁珠法核酸提取試劑盒具有更高的靈敏度、選擇性和穩(wěn)定性。另外,磁珠法可以與自動化設(shè)備配合使用,目前市場上已經(jīng)有多種自動化核酸提取儀器和系統(tǒng),可以實現(xiàn)高通量、高效率的核酸提取和純化。
下游應(yīng)用:
磁珠法核酸提取試劑盒和硅膠膜離心柱提取試劑盒的下游應(yīng)用可以包括:
PCR擴(kuò)增:從提取的DNA或RNA中擴(kuò)增感興趣的片段,用于分析基因型、表達(dá)水平、突變等信息。
實時熒光定量PCR:用于定量檢測DNA或RNA的含量,可以用于細(xì)胞數(shù)量、病毒載量、基因表達(dá)等的定量分析。
基因測序:從提取的DNA或RNA中進(jìn)行測序,用于分析基因序列、尋找突變等。
蛋白質(zhì)研究:從提取的DNA或RNA中合成蛋白質(zhì),用于研究蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)、功能等。
分子標(biāo)記標(biāo)記物檢測:用于檢測特定基因或序列,例如用于病原體檢測、遺傳疾病檢測等。
這些下游應(yīng)用可以幫助我們更深入地研究生物樣本中的DNA或RNA,并揭示它們在生物學(xué)、醫(yī)學(xué)等領(lǐng)域中的重要作用。
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