對血液樣本進行RNA測序時,如果不進行適當?shù)奶幚?,會影響測序的結果。
*,真核生物細胞含有一些高豐度RNA,其中含量高的是核糖體RNA(rRNA),而血液的RNA中含量第二高的就是珠蛋白(globin)RNA。這兩種RNA占血液樣本總RNA的85%以上。
如果不進行處理就建庫測序,高豐度RNA占據(jù)著大量的數(shù)據(jù),不僅浪費了測序成本,更淹沒了目標RNA的數(shù)據(jù),特別是一些低豐度但起著關鍵調(diào)控的RNA或者是罕見融合位點,使我們難以比較表達的差異化和特異性。
利用mRNA的polyA尾特點來富集mRNA的方法,雖然可以去除核糖體RNA,但并不能去除globin mRNA,同時其它的非編碼RNA的品種也會一并丟失。另外,在RNA樣本的質(zhì)量不高時,由于降解導致polyA尾的不完整,這種方法也不適用。
這些問題通過采用RNA酶H法的KAPA新品Globin RNA去除寡核苷酸加上RiboErase (HMR)核糖體RNA去除試劑盒即可輕松解決!
RNA酶H法的原理:rRNA及globin RNA與特異互補的DNA寡核苷酸鏈雜交,接著與DNA鏈雜交的RNA品種被RNA酶H特異消化去除,引入的DNA鏈則通過后續(xù)的DNA酶消化而去除。
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產(chǎn)品應用
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可同時去除細胞質(zhì)5S、5.8S、18S及28S 核糖體RNA,線粒體12S及16S 核糖體RNA, 以及珠蛋白globin mRNA
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適合物種:人、小鼠、大鼠
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可用于檢測帶polyA尾的RNA(成熟mRNA)及不帶polyA尾的RNA(包括非編碼RNA及前體RNA)
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高質(zhì)量與低質(zhì)量RNA樣本同樣適用
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優(yōu)異表現(xiàn)
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穩(wěn)定去除99.9% rRNA及99.9% globin mRNA
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低至25ng的血液來源RNA樣本也可獲得豐富轉錄本信息
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一天內(nèi)快速完成RNA富集及建庫流程(~6.5小時)(配套KAPA RNA Hyper建庫試劑盒)
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降低非特異性去除比例(與非酶去除法比較)
KAPA更高效、重復性更好
▲ 圖一 KAPA 實驗流程與I品牌同類產(chǎn)品相比,KAPA對globin mRNA及rRNA的去除效率更高,重復性更好。測序文庫從25/100/1000ng人血來源的RNA樣本制備,實驗流程采用了相應產(chǎn)品推薦的實驗方案。
KAPA助您發(fā)現(xiàn)更多
▲ 圖二 KAPA 實驗流程提升了*轉錄本的檢測數(shù)量